Le Rapport SFO 2000 est consacré aux affections virales. Celles-ci sont traitées de façon exhaustive, comportant les données épidémiologiques, pathogéniques, cliniques, pronostiques, le laboratoire et le traitement. Les aspects fondamentaux de la virologie : mécanismes d'action des virus, physiopathologie des atteintes virales, base des traitements, examens de laboratoire, constituent les premières parties. Les sujets d'actualité tels que la thérapie génique ou les virus traceurs sont également abordés.